As mudanças são apresentadas pelo governo estadual como parte de um amplo "plano de expansão" do transporte metropolitano, que inclui as grandes obras do Metrô – como a linha 4, atravessando a região oeste -, e alguns corredores da empresa de ônibus urbanos, a EMTU. Do total de R$ 20 bilhões (US$ 9,5 bilhões) previstos no plano entre 2007 e 2010, a CPTM ficou com R$ 7,3 bilhões (US$ 3,5 bilhões) – mas o projeto não prevê nenhum centímetro a mais na malha atual. O plano é trocar trilhos, renovar a frota e transformar o serviço da empresa em algo mais parecido com o oferecido pelo Metrô. Dos 260 km de linhas da CPTM, o plano prevê 160 km com qualidade semelhante ao do Metrô.
O novo plano de gastos permitiu algumas grandes aquisições: em 2007, a espanhola CAF venceu um contrato de R$ 1,1 bilhão (US$ 570 milhões) para entregar 48 novos trens à empresa, produzidos em uma fábrica instalada em Hortolândia, no interior do Estado. Este ano, a empresa planeja lançar sua primeira Parceria Público Privada (PPP), para construção de 24 trens e reforma de outras 12 unidades da linha 8, a segunda mais movimentada da rede, e onde quase nada foi feito até agora.
Com as novas aquisições, o número de trens em operação já passou de 105 para 110. Até 2010 deverão chegar mais 57 unidades, liberando algumas das antigas para reformas. Segundo o diretor operacional da CPTM, Mário Fioratti, os trens, de aço inox, podem ser reformados e voltar à atividade por 60% do preço de um modelo novo.
Desde 2007 a CPTM substituiu o controle manual das linhas por um sistema operacional idêntico ao do Metrô, o Automatic Train Operaton (ATO), instalado em três das suas sete rotas. Na linha 11, o expresso leste, a mais movimentada da rede, o intervalo caiu de 12 minutos para 5 minutos nos horários de pico. A empresa vem observando um aumento no movimento de passageiros a taxas "chinesas", de 10% a 15% ao ano. O aumento é em parte atribuído ao crescimento da economia nos últimos anos, mas em parte à melhora da oferta e à liberação de uma demanda reprimida. Em 2005, a CPTM transportava 1,2 milhão de passageiros ao dia, e hoje está em 2 milhões. Deve fechar 2010 em 2,7 milhões, projeta a companhia – chegando perto da movimentação do metrô hoje.